Der Jupiter zählt zu den auffälligsten Gestirnen am Himmel und zeichnet sich durch seinen leicht gelblichen und hellen Glanz aus. Nach der Venus ist der Jupiter der am besten erkennbare Stern am Himmel.
Betrachtet man das Erscheinungsbild des Jupiters, fallen die unterschiedlich eingefärbten Wolkenwirbel und Bänder ins Auge. Die Wolken der Atmosphäre bestehen aus gefrorenen Ammoniak Kristallen sowie vermutlich aus Ammoniumhydrogensulfid. Die Wolkenbänder und Wirbel erstrecken sich über verschiedene Breitengrade in östlich-westlicher Richtung um den Planeten herum. Die hellen Jupiter Bänder werden als Zonen bezeichnet, während die dunkleren Bänder Gürtel genannt werden. Sowohl die Zonen, als auch die Gürtel sind in Bewegung und weisen dabei verschiedene relative Strömungsgeschwindigkeiten auf.
Der Planet besitzt eine Wolkendecke die rund 50 Meter dick und ist in mindestens zwei Schichten aufgeteilt. Die untere Schicht ist in der Regel dichter und die obere dünner. Ebenfalls denkbar ist es, dass eine dünne Schicht von Wasserwolken unter der Ammoniak-Wolkenschicht vorhanden ist. Ein Indiz dafür ist, dass Blitze in der Atmosphäre beobachtet werden konnten. Diese Blitze entstehen durch die Polarität des Wassers, welche die Trennung elektrischer Ladungen zur Folge haben kann. Im Vergleich zu „normalen“ Blitzen auf der Erde können die Blitze des Jupiters rund tausend Mal stärker sein.
Bemerkenswert ist außerdem der sogenannte „Große Rote Fleck“. Bei diesem handelt es sich um einen riesigen ovalen Antizyklon, welcher der Länge nach das Ausmaß von zwei Erddurchmessern hat. Der Große Rote Fleck ist nicht fest mit der Jupiteroberfläche verbunden, hat aber eine stabile Lage zwischen zwei Wolkenbändern. Der erste Wissenschaftler, der den Großen Roten Fleck entdeckte, war der englische Naturforscher Robert Hooke im Jahr 1664. Da der Große Rote Fleck so enorme Dimensionen hat, kann er bereits mit einem Amateurteleskop beobachtet werden. Welche chemischen Elemente dafür sorgen, dass der Fleck seine rote Färbung erlangt, ist noch nicht bekannt.
Der Jupiter verfügt über das größte Magnetfeld der Planeten des Sonnensystems. An den Polen beträgt die Stärke des Feldes zwischen 1040 und 1400 Mikrotesla. An der Oberfläche sind es immerhin noch 400 Mikrotesla. Insgesamt ist das Magnetfeld des Jupiters also 10- bis 20- mal so stark wie das Magnetfeld der Erde.